L’Istituto, il cui primo nucleo fu progettato dagli architetti Carlo Fontana e Mattia de’ Rossi, era destinato ad accogliere e rieducare giovani orfani e bisognosi.
Le vicende costruttive della Fabbrica del San Michele ebbero un andamento discontinuo nel corso di 150 anni che portò a vari ripensamenti progettuali permettendone il compimento soltanto nel 1834.

La Chiesa Grande, ideata da Carlo Fontana nel 1706, occupa il fulcro geometrico della Fabbrica. Il progetto, non realizzato nel suo schema originario, prevedeva una planimetria a croce greca, di assoluta regolarità, per permettere la partecipazione di tutti gli ospiti alle funzioni liturgiche.

In Europa, l’Istituto Apostolico venne considerato un modello di organizzazione di assistenza pubblica, ospitando nei singoli edifici che lo componevano oltre gli orfani e i ragazzi bisognosi, i vecchi e le ‘zitelle’.

A tale originaria funzione di ricovero e correzione dei soggetti sociali più deboli si affiancò contemporaneamente quella educativa, mediante l’istituzione di Scuole di arti e mestieri e l’avvio di manifatture che ebbero grande floridezza fino al 1870, quali il lanificio, istituito nel 1703, l’arazzeria, la stamperia ed una Scuola per le arti liberali, in cui insegnarono personalità artistiche di rilievo.